Muzej hvarske baštine broji pet zbirki raspoređenih na različitim lokacijama. 

Arheološka zbirka i lapidarij dr. Grga Novak posvećena je istoimenom akademiku, poznatom hrvatskom arheologu i povjesničaru rođenom u Hvaru. Ova zbirka broji više od 2500 predmeta koji svjedoče o čovjekovoj prisutnosti na Hvaru od otprilike 6000 godina prije Krista pa sve do kraja antike.

Galerija Arsenal smještena je u zgradi Arsenala, u predvorju povijesnog hvarskog kazališta. U galeriji se izmjenjuje stalni postav koji obuhvaća vrijedne slike, skulpture i grafike, a najzastupljeniji su hrvatski slikari iz 60-ih godina prošlog stoljeća.

Hvarsko povijesno kazalište također je smješteno u zgradi Arsenala, a spomenik je najviše kategorije. Izgrađeno je 1612. godine kao jedna od najznačajnijih vojno-pomorskih zgrada na Sredozemlju. Od samog osnutka bilo je središte kulturnoga i društvenog života grada.

Ljetnikovac Hanibala Lucića spomenik je ladanjske arhitekture iz renesanse. U njemu se nalazi spomen-soba posvećena Hanibalu Luciću, gdje su izloženi predmeti iz fundusa Muzeja, slike i posoblje, zbirke medalja i njegov portret.

Prirodoslovni kabinet Dr. Grgur Bučić također je smješten u ljetnikovcu Hanibala Lucića te broji oko 350 predmeta, poput starih prirodoslovnih i meteoroloških instrumenata, fosile, biljne preparate, herbarij, arheološke artefakte te mnoge druge.

Cijena ulaznice iznosi 15 kuna, dok je ulaz za Hvarane, djecu, đake i studente arheologije besplatan.

Radno vrijeme muzeja po lokacijama:

• Ljetnikovac Hanibala Lucića - ljeti: 9 - 13 i 17 - 23 sata; zimi: 10 - 12 i prema najavi.
• Arheološka zbirka i lapidarij dr. Grge Novaka - ljeti: 10 - 13 i 20 - 23 sata; zimi: na zahtjev 
• Galerija Arsenal - travanj-listopad: 9 - 13 i 17 - 23 sata; studeni-ožujak: prema dogovoru.